En general se tiende a pensar que la agricultura ecológica se centra en evitar el uso de fertilizantes y plaguicidas sintéticos, pero ciertamente tiene un alcance mayor. Su propósito es llegar a una "producción agropecuaria limpia" y sostenida.
Un aspecto, ya destacaremos otros, que tiene vital importancia en la agricultura ecológica es la conservación y el mantenimiento del suelo. Las labores y técnicas que se aplican al manejo del suelo deben ir encaminadas a conservar y aumentar el contenido de materia orgánica y la actividad de los microorganismos que en él habitan. En este sentido, la fertilización de los cultivos debe basarse en el mantenimiento de unos niveles estables de materia orgánica que aseguren la productividad, mediante la incorporación al suelo de compost, estiercol, abonos verdes, enmiendas, ... ¿por qué?, muy facil, la materia orgánica que incorporemos al suelo será la despensa que las plantas utilizarán para alimentarse gracias a la actividad de los descomponedores (microorganismos, algunos insectos, lombrices, otros pequeños organismos y hongos), que transformarán esta materia orgánica en materia inorgánica poniéndola a disposición nuevamente de las plantas, de modo y manera que a parte de alimentar a nuestras plantas se soluciona el problemas de los residuos y se cierra la cadena.
Los descomponedores tienen la función de mantener en óptimas condiciones al suelo para el desarrollo de las plantas y devolver los nutrientes necesarios para continuar la producción de sustancias orgánicas que permite la renovación de la vida.
Observemos en la siguiente figura como en en la agricultura convencional la biomasa del suelo y su actividad biológica (flecha circular) se encuentra reducida debido a la falta de materia orgánica del suelo y otros efectos como los agrotóxicos.
Por otro lado, la ausencia de leguminosas, excelentes fijadores de nitrógeno atmosférico, en las rotaciones imposibilita una entrada adecuada al suelo de N atmosférico vía fijación biológica y las técnicas de eliminación de malezas hacen que la capacidad del sistema de almacenar nutrientes se reduzca.
Los sistemas ecológicos al potenciar la vida y la materia orgánica (biomasa) en el suelo y gracias a los descomponedores ponen a disposición de las plantas nutrientes de manera continua y paulatina, además de evitar grandes pérdidas de nutrientes por arrastre, como ocurre en la agricultura convencional.
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